養(yǎng)殖水環(huán)境持續(xù)惡化。隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴大和密度的增加，因養(yǎng)殖對水環(huán)境和土壤環(huán)境等的消耗越來越大，以及在養(yǎng)殖過程中各類藥物的使用，使得養(yǎng)殖水環(huán)境持續(xù)惡化。

1.養(yǎng)殖水環(huán)境持續(xù)惡化。隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴大和密度的增加，因養(yǎng)殖對水環(huán)境和土壤環(huán)境等的消耗越來越大，以及在養(yǎng)殖過程中各類藥物的使用，使得養(yǎng)殖水環(huán)境持續(xù)惡化。

2.主體生產(chǎn)方式落后，產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)不合理，增長方式落后。

3.養(yǎng)殖模式趨同性，產(chǎn)品同質(zhì)化，創(chuàng)新乏力，缺少具有強競爭力的養(yǎng)殖對象。
4.重產(chǎn)量、輕質(zhì)量，品牌缺乏，不利于水產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。
5.智能化、自動化、機械化、信息化程度低。這是由水產(chǎn)行業(yè)的特點和對水產(chǎn)從業(yè)人員的文化程度要求較低決定的。
6.水產(chǎn)品質(zhì)量安全形勢堪憂。雖然國家相關(guān)部門加大了管理及處罰力度，但在養(yǎng)殖過程中仍舊存在著用藥不規(guī)范、養(yǎng)殖密度超標、養(yǎng)殖水體和飼料不達標等諸多問題。
7.現(xiàn)代農(nóng)業(yè)企業(yè)管理水平落后，技術(shù)創(chuàng)新能力較弱，人才嚴重缺乏。
8.病害問題突出。